В регистратарах два бута: бутстартер и бутлоадер.
О чем именно идет речь в вашем случае?
В составе некоторых комплектов DirectUSB есть отдельно образ бутлоадера. Например у меня в папке bld лежат образы для a2, a2s, a3, a5, a5l, a5s, a6, a7, a7l, i1. все они лежат в формате bin. Однако, все зависит от того какой именно комплект DirectUSB используется. Нужно быть уверенным, что это бутлоадер именно под ваше железо, т.к. в нем осуществляется его первичная инициализация.
Кстати, в эльфах бутстартер, как правило, присутствует, а вот в прошивках с карточки его никогда не бывает. Так что прошиваясь эльфом вы в большинстве случаев обновляете и бутстартер и бутлоадер.
В вашем случае, возможно, речь идет о несовместимости бутстартера и бутлоадера. Такое бывает. Причина в том, что у разных прошивок может быть по-разному распределено адресное пространство. В детали углубляться не буду.
Лечится прошивкой эльфом на разряженном или отсоединенном аккумуляторе, если, конечно, речь не идет о сбойном чипе ROM.
Прошивать файл elf как бутлоадер, т.е. через соответствующее поле и галочку в DirectUSB абсолютно не правильно, т.к. лоадеры ложатся по фиксированному адресу: бутстартер - по физическому адресу 0, а бутлоадер - по виртуальному 0С000000