В соответствии с немецким законом об НДС продавец должен иметь документ подтвердающий экспорт товара. Крупные продавцы каким-то образом имеют право вычитать этот налог сразу при отгрузке товара. Все это придумывают не продавцы, а такой у них закон. Ваш продавец при наличии соответствующего документа, полученного от вас получает возврат от государства и перечисляет вам сумму налога.
Задача ясна - им нужен документ, который однозначно подтверждает экспорт товара. Поэтому обратитесь к продавцу и спросите каким образом должна быть отмечена накладная, чтобы подтвердить экспорт. Российская таможня тут не причём. Штамп таможни какого-либо государства ЕС ставится на документе, когда вы лично вывозите товар.
Немцы у себя сами разберутся как правильно и скажут вам как отметить накладную. Если они не предложат выхода, то можете жаловаться в немецкую налоговую службу. Вы как нерезидент ЕС имеете право на возврат налога - таково требование их закона. Законы в тех странах настоящие и всегда выполнятются.
Так что не отчаивайтесь, но имейте ввиду, что если дело пойдёт неудачно, процедура может оказаться длительной.
