Вот по поводу "отдельной" Shipping policy ни чего не могу сказать.
У меня их две (к примеру). Одна с "Freeship", другая с платной доставкой. Исключения у меня прописаны и ставятся отдельно там и там. И при выставлении нового лота я выбираю, с какой Policy он будет продаваться. Мне двух хватает.
Но если Вы под каждый лот делаете свою Policy - в одной 10 долларов доставка, в другой 20, в третьей - 30 (к примеру) и так далее, то и исключения придётся прописывать в каждой из них. Но если у Вас несколько лотов с одной Policy и поменяете что либо в любом лоте с этой Policy (даже в уже выставленном)- изменения коснутся именно этих лотов, с этой Policy, зато сразу всех.
Можно состряпать в аккаунте отдельную Policy с нужными исключениями и потом, редактируя лоты, изменить предыдущий Shipping policy на этот.
Сумбурно немножко, но вроде понятно должно быть.